Gastroenteroloji Enstitüsü, 3837 sayılı Yükseköğretim Kurumları Teşkilatı Kanunu kapsamında, 11 Temmuz 1992 tarihinde Prof. Dr. Nurdan TÖZÜN başkanlığında kurulmuştur. Kurumumuz ülkemizde sindirim sistemi hastalıklarına yönelik lisansüstü eğitim, araştırma ve uygulama çalışmaları yapan ilk enstitü olmuştur. Üniversitelerarası Kurul'un 15.06.1993 tarih ve 2149 sayılı kararı ile Sağlık Bilimleri Enstitüsü bünyesinde "Viral Hepatitler Yüksek Lisans Programı" adı altında eğitim vermeye başlamıştır. 26 Temmuz 1995 tarihinde ensititü binamız hizmete açılmıştır. 1995 yılında "Endoskopi", "Hepatit Araştırmaları ve Gastrointestinal Sistem Moleküler Biyolojisi ve Genetik" laboratuarı hizmete girerek önemli atılım gerçekleştirilmiştir. 1999 yılında "Cerrahi", "Yataklı Servis" 2003'te ise İmmunoloji laboratuarı ve Motilite birimi devreye girmiştir.