Ülkemizdeki hastalıkların büyük bir çoğunluğunu sindirim sistemi hastalıkları oluşturmaktadır. Bunların önemli bir bölümü kalıcı bozukluklara ve ekonomik kayıplara yol açmaktadır.

Gastroenteroloji Enstitüsü misyonu, sindirim sistemi ile ilgili deneysel ve klinik araştırmaların yürütüleceği aktif, dinamik ve multidisipliner bir çalışma ortamı oluşturarak gastroenteroloji alanına ivme kazandıracak her türlü araştırmayı organize ve koordine etmek, bu alanda uluslararası düzeyde bilim adamı yetiştirmek, tüm dünyada hızla gelişen tanı ve tedavi yöntemlerinin ülkemizde de uygulanmasını sağlamak ve gastroenterolojinin çeşitli konularında yüksek lisans ve doktora eğitimi vermektir. Ayrıca bu hastalıklardan korunma konusunda toplumu bilinçlendirmek kamu hizmetini yerine getirmektir.Bu amaçla halka yönelik konferanslar, tarama çalışmaları ve aşı kampanyaları başlıca faaliyetler arasında yer almaktadır.

Vizyonu; alanında yeni ve etkin açılımlar sunacak uluslararası düzeyde teknoloji ve bilimsel çalışmalar üretmek, akademik personel yetiştirmek böylece uluslarası literatürde ve dünya sağlığında norm belirleyen etkin ve saygın bir bilim merkezi olmak, bu girdileri ülke ekonomisi ve sağlığına yansıtmak olan Gastroenteroloji Enstitüsü, sahip olduğu tüm birimlerle kurumsallaşmış düzeyde faaliyet göstermektedir.

Yetiştirmiş olduğu üst ihtisas ve öğrencileri yüksek lisans , yapmış olduğu araştırmalar ve yayınlar ile referans merkezi haline gelen Gastroenteroloji Enstitüsü bilim ve biyoteknoloji alanında toplumsal sağlığa ve kalkınmaya katkılarını devam etmektedir.